Na terenie Nadleśnictwa Siedlce znajdują się sześć rezerwatów przyrody o łącznej powierzchni 1007,81 ha, co stanowi około 14% powierzchni nadleśnictwa.
Na terenie nadleśnictwa powołano Obszary Natura 2000 i są to 3 Specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO): Ostoja Nadliwiecka, Gołobórz, Dąbrowy Seroczyńskie i 3 Obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO): Dolina Kostrzynia, Dolina Liwca, Lasy Łukowskie.