Celem działania europejskiej sieci obszarów chronionych Natura 2000 jest powstrzymanie wymierania zagrożonych roślin i zwierząt oraz ochrona różnorodności biologicznej na terenie Europy. Do wdrożenia sieci zobowiązane są wszystkie kraje Wspólnoty.

Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,

• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.

W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa zlokalizowanych jest (w całości lub w części) 7 obszarów sieci Natura 2000.

• Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 Ostoja Nadliwiecka

Jest to najcenniejszy pod względem przyrodniczym, obok doliny Bugu, obszar we wschodniej części województwa mazowieckiego. O tak wysokiej randze świadczy przede wszystkim - wysoka różnorodność biologiczna Charakterystycznym elementem tutejszego krajobrazu są lasy łęgowe. Najpospolitszymi i zajmującymi największe powierzchnie są łęgi olszowo-jesionowe.

• Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 Gołobórz

Gołobórz stanowi bardzo ciekawy przykład rzeźby lodowcowej i polodowcowej o specyficznej budowie geologicznej i zróżnicowanych pod względem geomorfologicznym krajobrazach. Prawie 80% obszaru porastają zbiorowiska leśne, które reprezentują pełną skalę wilgotnościową siedlisk, od skrajnie suchych po bagienne. Teren niezalesiony porastają zbiorowiska wrzosowiskowe, murawowe, ziołoroślowe, szuwarowe i zarośla wierzbowe. Obszar ten obejmuje teren rezerwatu przyrody Gołobórz.

• Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 Dąbrowy Seroczyńskie

Obszar stanowi unikalny kompleks leśny z pozostałościami naturalnych zbiorowisk leśnych z dębem bezszypułkowym. Obszar ten obejmuje teren rezerwatu przyrody Dąbrowy Seroczyńskie.

• Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 Dzwonecznik w Kisielanach

Rośnie tu największa w Polsce populacja dzwonecznika wonnego Adenophora liliifolia w Polsce, licząca ok. 1500 osobników. Obszar jest miejscem występowania wielu gatunków chronionych i zagrożonych, figurujących na regionalnej czerwonej liście.

• Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków Natura 2000 Dolina Liwca

Obszar obejmuje dolinę rzeki Liwiec, od źródeł do ujścia rzeki do Bugu, z łąkami i zalewowymi pastwiskami utworzonymi na zmeliorowanych bagnach. W dolinie przeważają łąki i pastwiska, lokalnie występują łęgi olchowe i olchowo-jesionowe oraz niewielkie kompleksy leśne, z dominującym udziałem sosny. Występuje co najmniej 20 gatunków ptaków z załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 5 gatunów z Polskiej Czerwonej Księgi.

Ważna ostoja ptaków wodno-błotnych, szczególnie w okresie lęgowym następujących gatunków ptaków: cyraneczka, cyranka, czernica, czajka, kulik wielki, rybitwa białowąsa, brodziec piskliwy, rycyk; w stosunkowo wysokim zagęszczeniu występują perkoz rdzawoszyi, bocian biały, krzyżówka, błotniak stawowy, derkacz, sieweczka rzeczna, kszyk, rybitwa czarna, podróżniczek, strumieniówka, ortolan.  okresie wędrówek występują w stosunkowo dużej liczbie gęsi zbożowa i białoczelna.

• Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków Natura 2000 Dolina Kostrzynia

Ostoja obejmuje dolinę rzeki Kostrzyń wraz z łąkami, mokradłami i kompleksami stawów rybnych, oraz otaczające ją lasy łęgowe, olsy i zespoły zarośli. Występuje tu conajmniej 20 gatunków ptaków wymienionych w załączniku I Dyrektywy Ptasiej, 3 gatunki zostały zamieszczone na liście zagrożonych ptaków w Polskiej czerwonej księdze zwierząt.

• Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków Natura 2000 Lasy Łukowskie

Obszar obejmuje kompleks leśny Lasów Łukowskich, w którym leżą obszary źródłowiskowe rzek Krzna Południowa, Krzna Północna, Kostrzyń i świder. W ostoi występuje co najmniej 16 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 2 gatunki z Polskiej Czerwonej Księgi. Gniazduje tu ok. 120 gatunków ptaków.

W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej lelka i sowy błotnej; w stosunkowo wysokim zagęszczeniu występują: gąsiorek, jarzębatka i lerka. Na terenie nadleśnictwa położona jest tylko  niewielka część obszaru - ok.15 ha.